Монастырь находится на северо-востоке Афона, недалеко от столицы монашеской республики, Кареи. Престольный праздник обители – Благовещение Пресвятой Богородицы (25 марта/7 апреля).
Филофей – имя основателя обители. Предполагается, что инок Филофей жил здесь около 990-1000 гг. Известны имена его сподвижников – Арсений и Дионисий. Монастырь Филофей впервые упоминается в документах афонского прота в 1015 г.
В дальнейшем Филофей редко попадает на страницы истории. Известно, что благотворили монастырю византийские цари и сербские крали. Иноками Филофея в основном были сербы и болгары. В XVII столетии есть данные о том, что пожертвования на монастырские нужды собирались и в России, с разрешения царя Михаила Федоровича.
В 1871 г. страшный пожар уничтожил обитель почти полностью. В дальнейшем Филофей восстанавливался на средства благотворителей, в основном из Греции. Греки же составили основную часть братии.
19 апреля монастырь совершает память Собора семи преподобных, прославленных святых обители. Это:
Особенно почитаем сщмч. Косма Этолийский, постриженник Филофея, который в годы турецкого владычества бесстрашно проповедовал православие балканским народам в течение 25 лет. За это он прославлен Церковью как равноапостольный. Прп. Косма принял мученическую кончину от рук турок-мусульман. Сщмч. равноап. Косма Этолийский канонизирован Элладской Церковью в 1961 г., а с 2008 г. внесен с месяцеслов и Русской Православной Церкви
Сейчас в Филофее проживают около 90 монахов.
В Филофее, кроме собора Благовещения Пресвятой Богородицы (построен в 1746 г.) – 9 храмов. Филофею принадлежит также 13 келлий. Одна из них посвящена сщмч. Косме Этолийскому.